Уважаемые коллеги!
Предлагаю обменятся опытом (мнениями) по этой теме.

Что делается мной для идентификации матки?
Маток я не мечу. Все собираюсь, но всегда то решительности не хватает (окончательно не уверен в необходимости этого дела), то времени на это дело.

Однако все (почти все) матки у меня "меченые" другим способом - подрезка крыла или обоих крыльев(как получится, это не важно). Конечно, такая "метка" не облегчает поиск матки при необходимости. Но при моей технологии пчеловождения эта операция необходима. Дело в том, что, как я уже говорил, на пасеке бываю летом 1 раз в неделю или 1 раз в 2 недели (и такое случается). При таком варианте вполне возможно не своеременное выполнение противороевых мероприятий, прозевать роевое состояние и "несанкционированый" выход роя, т. е. потерю пчел (эти рои просто улетят). Так вот, эта самая подрезка крыла матки страхует меня от таких потерь. Понятно, что рой выйдет, но без матки никуда не улетит и вернется. А пока "дозреет" молодая матка, то пройдет еще не менее недели. А за это время я уж точно приеду и разберусь с ними.
Таким образом подрезка крыла во-первых страхует меня от потери роевых пчел и, во-вторых, выполняет роль своеобразной метки.
В "бортовом" журнале отмечаю дату рождения матки и дату обрезки крыла. В дальнейшем, при тихой смене, всегда можна дать ответ на вопрос старая или молодая хозяйка в улье.

Никаких отрицательных влияний подрезки крыла на матку, на ее производительность и т. п. не замечал.
Один минус этой операции - затраченое время, но я уже поднаторел в этом, так что не так уж и много времени (примерно 5-10 минут, включая сюда удаление матки из сота, подрезку, возвращение матки на сот). Специально для подрезки матку не ищу. При очередном весенне-летнем осмотре если она попадается на глаза и я знаю, что в этой семье не подрезал еще, то я ее удаляю-подрезаю-возвращаю.